Le rôle caché des bactéries dans la formation des calculs rénaux

📝 EN BREF

• Les calculs rénaux se forment lorsque les minéraux présents dans l'urine se cristallisent et s'agglutinent. Parmi tous les types, les calculs d'oxalate de calcium sont les plus fréquents.
• On a longtemps pensé que les calculs d'oxalate de calcium résultaient uniquement de processus physiques et chimiques, mais une étude récente a révélé que des bactéries y sont incrustées.
• Ces bactéries forment des biofilms denses au sein du calcul, créant des structures collantes qui offrent aux cristaux davantage de points d'attache, favorisant ainsi la formation et la croissance du calcul.
• Une étude distincte a montré que les reins hébergent leur propre microbiome, au sein duquel certaines bactéries favorisent la formation de calculs tandis que d'autres aident à limiter la croissance des cristaux dans le tissu rénal.
• Des mesures simples comme rester hydraté, modérer les oxalates, réduire les huiles de graines, bouger plus et éviter les antibiotiques inutiles peuvent aider à réduire le risque de calculs tout en préservant la santé microbienne des reins.

🩺Par le Dr. Mercola

Les calculs rénaux se forment lorsque certains minéraux et composés présents dans votre urine deviennent suffisamment concentrés pour se cristalliser. Ces cristaux peuvent s'agglutiner au fil du temps et se transformer en dépôts durs qui se fixent le long des voies urinaires. Selon l'endroit où ils se logent et leur taille, ils peuvent provoquer aussi bien un léger inconfort qu'une douleur vive et persistante. Alors que certains calculs s'éliminent d'eux-mêmes, d'autres nécessitent une intervention médicale, et les récidives sont fréquentes.

Environ une personne sur onze souffrira d'un calcul rénal à un moment donné de sa vie. Parmi les différents types de calculs, les calculs calciques, en particulier ceux constitués d'oxalate de calcium, sont de loin les plus courants. Ces calculs ont longtemps été considérés comme le résultat de processus purement physiques et chimiques, tels que l'équilibre minéral, l'hydratation et des facteurs liés à l'alimentation qui augmentent la concentration des composés cristallisants.

Cette explication a orienté la manière dont les calculs sont étudiés, prévenus et traités depuis des décennies. Cependant, une étude récente menée par des chercheurs de l'Université de Californie à Los Angeles (UCLA) suggère que des bactéries pourraient également être impliquées dans la formation et la persistance des calculs calciques. Leurs conclusions révèlent une composante biologique jusqu'alors méconnue qui pourrait ouvrir la voie à de nouvelles méthodes de prévention et de prise en charge de cette affection douloureuse.

Des biofilms bactériens découverts au sein des calculs rénaux calciques

L'étude mise en avant, publiée dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), a examiné des calculs rénaux calciques extraits directement de patients et a révélé que des bactéries sont incrustées au cœur même des calculs, y formant des biofilms organisés, une substance collante semblable à une toile que les bactéries produisent naturellement pour survivre dans des environnements difficiles, qui persistent dans toute leur structure interne.

• Seuls les calculs d'origine infectieuse étaient liés aux bactéries : Jusqu'à présent, les chercheurs n'associaient les bactéries qu'aux calculs de struvite, le type qui se forme lors d'infections actives des voies urinaires (IVU).

Ceux-ci sont causés par des bactéries possédant de l'uréase, une enzyme qui décompose l'urée et augmente le pH de l'urine, créant des conditions idéales pour la formation de cristaux de struvite. Les calculs calciques, en revanche, sont classés comme non infectieux, c'est pourquoi la découverte de biofilms internes au sein de ces calculs revêt une importance particulière.

• Des bactéries étaient incrustées dans l'ensemble des calculs rénaux calciques : Les chercheurs ont observé des motifs stratifiés répétitifs, composés d'une alternance de bandes riches en minéraux et en matières organiques. Les couches organiques contenaient du matériel de biofilm dense, tandis que les couches minérales étaient principalement constituées de cristaux d'oxalate de calcium. Cette configuration indique que des bactéries étaient présentes lors de plusieurs phases de la croissance du calcul.

• Les couches de biofilm contenaient des matériaux de construction bactériens classiques : Dans les couches de biofilm, les scientifiques ont découvert des cellules bactériennes entourées d'une matrice dense composée d'ADN, de sucres et de graisses. Ce sont les mêmes matériaux que les bactéries utilisent pour construire des biofilms stables dans d'autres parties du corps. Aucun de ces composants n'est apparu dans les échantillons témoins fabriqués à partir de cristaux cultivés en laboratoire, ce qui confirme que le matériel biologique provient bien de l'environnement de formation des calculs à l'intérieur du corps humain.

• Les zones riches en biofilm modifiaient la taille et la structure des cristaux : La forme et la taille des cristaux changeaient selon leur proximité avec ces couches bactériennes. Dans les zones riches en biofilm, les cristaux d'oxalate de calcium étaient plus petits et plus denses.

Des cristaux plus petits signifient davantage de « points de départ » pour l'accumulation de minéraux. C'est comme disposer de plus d'échafaudages pour une construction : plus les cristaux ont d'endroits où se fixer, plus le calcul peut se développer efficacement. Cette configuration suggère que les zones riches en biofilm fournissent des points de départ répétés pour la formation de cristaux.

• L'ADN s'est avéré être l'un des acteurs les plus importants : L'ADN bactérien n'est pas seulement du matériel génétique, il agit également comme un filet chargé. Comme l'ADN est porteur d'une forte charge négative, il attire les ions calcium chargés positivement qui flottent dans l'urine environnante. Ce calcium concentré crée des conditions idéales pour que les cristaux commencent à se former et à adhérer. Partout où l'ADN bactérien était fortement concentré, ces zones sont devenues des foyers de croissance pour de nouveaux minéraux.

• Les calculs hébergeaient de multiples espèces bactériennes : La mise en culture et l'identification génétique ont révélé un large éventail d'organismes couramment associés aux voies urinaires, notamment Escherichia coli, Enterococcus faecalis, Proteus mirabilis et Staphylococcus epidermidis. De nombreux calculs contenaient plusieurs espèces simultanément, ce qui montre que l'environnement du calcul peut abriter des communautés microbiennes diversifiées.

• Des bactéries ont été détectées même dans des calculs négatifs aux cultures cliniques de routine : En d'autres termes, même lorsque les examens standards suggéraient l'absence de bactéries, l'imagerie a révélé des cellules bactériennes intactes et des biofilms organisés incrustés au sein du calcul. Cela démontre que les calculs calciques peuvent contenir des bactéries même lorsqu'ils sont classés comme non infectieux par les tests cliniques.

• Les conclusions mettent en évidence un mécanisme plus large derrière les calculs courants et récurrents : Les chercheurs ont décrit cela comme une voie de formation des calculs nouvellement identifiée qui pourrait aider à expliquer la forte prévalence des calculs calciques. La Dre Kymora Scotland, co-auteure principale de l'étude, a souligné :

« Ces résultats pourraient également aider à expliquer les liens entre les infections urinaires récurrentes et la formation récurrente de calculs rénaux, et ouvrent des perspectives sur de futurs traitements potentiels pour ces affections.

Notre équipe multi-institutionnelle mène actuellement des études pour déterminer comment les bactéries et les calculs rénaux calciques interagissent. Nous voulons comprendre exactement ce qui rend certains patients particulièrement prédisposés à la formation récurrente de calculs, et ce qui, chez ces espèces particulières de bactéries, leur permet de provoquer la nucléation de ces calculs ».

Ces découvertes déplacent l'attention des seuls cristaux vers l'environnement vivant qui favorise leur croissance. Et des recherches antérieures ont démontré que cet environnement commence non seulement à l'intérieur du calcul, mais au sein même du rein.

Le microbiome rénal comme régulateur caché du risque de calculs

Pendant des décennies, on a pensé que les reins étaient stériles. Cependant, une étude publiée dans Nature Communications confirme que les reins, à l'instar d'autres organes, hébergent un microbiome résident qui influence discrètement la santé urinaire. Ces bactéries ne sont pas présentes en raison d'une infection. Elles vivent dans les voies urinaires d'individus sains, restent stables au fil du temps et mènent des processus métaboliques actifs, autant d'éléments qui répondent aux critères scientifiques pour être considérés comme un véritable microbiome.

• Des bactéries rénales spécifiques ont été associées à la formation de calculs : En particulier, Escherichia coli, qui est couramment associée aux infections urinaires, favorisait la formation de calculs d'oxalate de calcium. D'un autre côté, Lactobacillus crispatus, une espèce souvent considérée comme protectrice dans d'autres parties du corps, présentait le profil inverse et était associée à une réduction de la formation de calculs.

• Les antibiotiques perturbent le microbiome des reins et augmentent le risque de calculs : Lorsque les antibiotiques perturbent l'équilibre du microbiome dans les reins, cela réduit L. crispatus et augmente les taux d'E. coli, créant un environnement propice à la formation de calculs rénaux. Les effets des antibiotiques sur le microbiote rénal dépendaient également de la durée du traitement.

Une utilisation d'antibiotiques à court terme n'a pas modifié de manière mesurable le microbiome rénal, tandis qu'une exposition prolongée a entraîné des changements durables, même après l'arrêt des antibiotiques. Ce changement dans l'équilibre microbien renforce la nécessité d'utiliser les antibiotiques avec prudence, en particulier lorsqu'il n'y a pas d'infection claire à traiter.

• La composition microbienne des reins évolue avec l'âge : Ces profils liés à l'âge différaient selon la fonction rénale et la présence ou non d'une maladie. Les résultats suggèrent que la modification du microbiome rénal au fil du temps pourrait influencer le risque de développer des affections non infectieuses, soulignant son rôle plus large dans le maintien de la santé rénale à long terme.

En clair, le risque de calculs rénaux ne dépend pas seulement de ce qui se trouve dans votre urine, il dépend aussi des bactéries qui prospèrent dans vos reins. Pour en savoir plus sur ces découvertes, lisez «Antibiotics Fuel Kidney Stones by Skewing Microbiome Balance».

Comment réduire le risque de calculs rénaux et préserver votre équilibre microbien

Les découvertes concernant le rôle des bactéries dans la formation des calculs rénaux ouvrent la voie à de nouvelles stratégies pour protéger vos reins, en commençant non pas par un traitement agressif, mais par des habitudes quotidiennes qui préservent la santé de votre microbiome rénal et réduisent les facteurs qui déclenchent la croissance des cristaux. Voici quelques stratégies pratiques pour vous aider à démarrer :

1. Limitez votre consommation d'oxalates : Si vous avez des antécédents de calculs rénaux, modérer l'apport en oxalates réduit la probabilité que l'oxalate se concentre dans votre urine. Les aliments particulièrement riches en oxalates comprennent les épinards, les amandes, le beurre de cacahuète, les patates douces et les figues. La consommation régulière de grandes quantités de ces aliments augmente le risque que l'oxalate se combine au calcium pour former des cristaux.

Associer des aliments contenant des oxalates à des aliments riches en calcium limite l'absorption des oxalates dans le tube digestif. Le calcium se lie à l'oxalate dans l'intestin, formant un composé insoluble qui s'élimine sans danger dans les selles plutôt que d'être filtré par les reins. Les produits laitiers et les légumes verts pauvres en oxalates, comme le chou frisé, favorisent ce processus.

La préparation des aliments a également son importance. Faire bouillir les légumes riches en oxalates permet d'extraire les oxalates dans l'eau de cuisson, qu'il convient ensuite de jeter. Une hydratation adéquate réduit encore le risque en diluant l'oxalate urinaire et en diminuant les risques de formation de cristaux.

2. Restez bien hydraté avec de l'eau pure : Un apport hydrique régulier aide à éliminer les déchets de vos reins et maintient l'urine moins concentrée, ce qui diminue la probabilité de formation de cristaux. Votre soif est généralement un bon indicateur, mais vous pouvez également surveiller la couleur de votre urine. Un jaune pâle suggère une hydratation adéquate, tandis que des nuances plus foncées signifient que vous pourriez avoir besoin de plus de liquides.

3. Réduisez l'acide linoléique (AL) dans votre alimentation : Un apport élevé en AL, le gras oméga-6 présent dans la plupart des huiles végétales, a été lié à une perturbation du microbiome et à un risque plus élevé de calculs. Éliminer les aliments transformés et les huiles de graines comme l'huile de soja, de maïs et de tournesol aide à réduire votre charge en AL. Remplacez-les par des graisses naturelles stables comme le ghee, le beurre de vaches nourries à l'herbe, le suif ou l'huile de coco, en quantités modérées.

4. Optimisez votre apport en glucides : Une fois les aliments inflammatoires et perturbateurs éliminés, donnez à vos microbes intestinaux et rénaux bénéfiques le carburant dont ils ont besoin. Commencez par des glucides bien tolérés comme les fruits mûrs et le riz blanc. Ceux-ci fournissent de l'énergie sans nourrir les bactéries intestinales nocives.

À partir de là, vous pouvez réintroduire progressivement des légumes cuits, des racines, des féculents et des aliments fermentés.

5. Maintenez un mouvement quotidien : Les personnes qui passent de longues heures assises présentent une prévalence plus élevée de calculs rénaux. En revanche, l'activité physique aide à réduire ce risque grâce à divers mécanismes, tels que le soutien à la régulation de l'équilibre hydrique, l'amélioration du métabolisme et la modulation du microbiote intestinal. Si vous êtes principalement sédentaire pendant la journée, intégrer des mouvements doux comme la marche ou les étirements dans votre routine peut faire la différence.

6. N'utilisez les antibiotiques que lorsque cela est nécessaire : Comme l'indique l'étude de Nature Communications, les antibiotiques peuvent perturber le microbiome de vos reins, et plus l'exposure est longue, plus ce changement risque de devenir permanent. Réservez l'usage des antibiotiques aux situations claires et nécessaires, et choisissez de la viande sans antibiotiques provenant de sources fiables afin de réduire les expositions inutiles.

7. Envisagez le diméthylsulfoxyde (DMSO) : Le DMSO est un composé naturel remarquablement sûr qui aide à traiter une variété d'affections complexes, y compris les calculs rénaux. Dans un court rapport clinique portant sur six patients souffrant de calculs rénaux, le DMSO par voie intraveineuse a éliminé les calculs dans la plupart des cas en deux ou trois traitements, un patient ayant connu une disparition complète après une seule perfusion.

Vos reins ne sont pas de simples filtres passifs. Ce sont des tissus vivants et réactifs, façonnés par vos choix quotidiens, ce que vous mangez, comment vous bougez et même les microbes que vous favorisez. Pour obtenir d'autres conseils sur le soutien de la santé rénale globale, lisez «Global Study Reveals Alarming Surge in Chronic Kidney Disease».

Foire aux questions (FAQ) sur le lien entre les bactéries et les calculs rénaux

Q : Si mon calcul rénal ne provient pas d'une infection, pourquoi contiendrait-il des bactéries ?

R : Les bactéries peuvent pénétrer dans le rein et participer au processus de construction du calcul sans pour autant provoquer d'infection active. Elles créent des biofilms, des structures protectrices denses composées d'ADN, de sucres et de graisses, qui agissent comme un échafaudage. Ces biofilms offrent aux minéraux des zones où s'accrocher et se développer, aidant ainsi le calcul à prendre forme de l'intérieur vers l'extérieur.

Q : Certaines bactéries peuvent-elles réellement augmenter ou diminuer mon risque de calculs ?

R : Oui. Certaines espèces influencent le comportement des cristaux dans vos reins. Par exemple, E. coli encourage les cristaux à s'agglutiner et à se transformer en structures denses semblables à des pierres. L. crispatus, en revanche, semble interrompre ce processus et maintenir les cristaux plus dispersés. Lorsque les deux sont présentes, l'équilibre entre elles aide à déterminer si les calculs se forment ou restent sous contrôle.

Q : Les reins possèdent-ils vraiment leur propre microbiome ?

R : Tout à fait. L'idée selon laquelle les reins sont stériles a été réfutée. Des études confirment que des reins sains hébergent leur propre communauté de bactéries, non pas à cause d'une infection, mais comme un élément normal de la santé urinaire. Ces microbes restent stables au fil du temps, exercent des fonctions métaboliques et interagissent avec votre corps d'une manière qui influence non seulement le risque de calculs, mais aussi la résilience globale des reins.

Q : Les antibiotiques affectent-ils mon risque de développer des calculs rénaux ?

R : Les antibiotiques peuvent modifier l'équilibre des bactéries dans vos reins. Il a été démontré qu'une utilisation prolongée d'antibiotiques réduit les bactéries protectrices et favorise les espèces liées à la formation de calculs.

Q : Quelles stratégies puis-je mettre en œuvre dès aujourd'hui pour commencer à soutenir mes reins ?

R : Soutenir vos reins commence par de petits changements réguliers qui aident à réduire le risque de calculs et à protéger votre microbiome, comme rester bien hydraté, limiter votre consommation d'aliments riches en oxalates, rester physiquement actif et éviter l'usage inutile d'antibiotiques.