La nouvelle espèce menacée : Le microbiome intestinal humain

📝 EN BREF

• Le film, intitulé « The Invisible Extinction », avertit que le microbiome humain est en danger, ce qui met l'homme en péril
• Le film met en lumière les travaux des microbiologistes Martin Blaser et Gloria Dominguez-Bello (un couple qui travaille en équipe) qui étudient à la fois le problème et une solution potentielle pour sauver la diversité microbienne
• La surconsommation d'antibiotiques, les césariennes électives et les aliments transformés sont « à l'origine de la destruction de notre écologie interne », selon le film
• L'augmentation spectaculaire des maladies chroniques, notamment le diabète de type 1, l'asthme, l'obésité, le reflux gastro-œsophagien et les maladies inflammatoires de l'intestin, pourrait être liée à la perte de diversité bactérienne dans nos intestins
• Mme Dominguez-Bello est présidente de The Microbiota Vault, une initiative mondiale à but non lucratif qui vise à « préserver la santé à long terme de l'humanité » en stockant et en conservant des échantillons et des collections de microbiote

🩺Par le Dr. Mercola

Le film documentaire « The Invisible Extinction » tire la sonnette d'alarme : Le microbiome humain est en danger, ce qui met l'homme en péril. « Les bactéries sont la forme de vie dominante sur Terre. Le filme débute par ce commentaire : « Tout ce qui concerne la vie humaine dépend des bactéries ».

Les chercheurs ne font qu'effleurer la surface lorsqu'il s'agit de dévoiler la relation complexe que les microbes entretiennent avec la santé et les maladies humaines. Mais on sait que la diversité microbienne dans l'intestin est une bonne chose, tandis qu'une diminution de la diversité du microbiome intestinal est associée à des maladies chroniques telles que l'obésité et le diabète de type 2.

En général, la diversité microbienne intestinale diminue avec l'âge, mais les personnes plus jeunes sont également touchées. Le documentaire se concentre sur trois raisons probables : l'utilisation excessive d'antibiotiques, les césariennes électives et les aliments transformés, qui, selon les auteurs, « entraînent la destruction de notre écologie interne ».

La diversité microbienne : un gâchis

Le film met en lumière les travaux des microbiologistes Marty Blaser et Gloria Dominguez-Bello (un couple qui travaille en équipe) qui étudient à la fois le problème et une solution potentielle pour sauver la diversité microbienne. En expliquant pourquoi il a choisi de centrer le film sur les études de Marty Blaser et Gloria Dominguez-Bello, après s'être entretenu avec de nombreux microbiologistes, le coréalisateur et producteur Steven Lawrence a expliqué à Sloan Science and Film :

« La recherche de Marty Blaser, qui est assez large, définit le problème, tandis que celle de Gloria Dominguez-Bello cherche la solution : qu'il s'agisse de préserver les microbes des peuples indigènes, de réfléchir à la manière dont nous pouvons rendre les césariennes moins préjudiciables à long terme, en plus de plaider pour une diminution des césariennes électives.

Dans le monde entier, des personnes mènent des études importantes et fondamentales qui, espérons-le, déboucheront sur une vision beaucoup plus nuancée de ce que signifie être en bonne santé. Nous pouvons tous être en bonne santé physique, mais avoir des microbiomes très différents. La diversité en nous-mêmes et au sein de notre espèce est une source de protection, et je pense que c'est l'objet du travail de Gloria sur la chambre-forte du microbiote [évoquée ci-dessous]. »

Le microbiome désigne l'ensemble des microbes qui vivent dans et sur votre corps. Il joue non seulement un rôle dans la digestion, mais il est également fondamental pour le fonctionnement du système immunitaire. En fait, votre microbiome intestinal affecte presque tous vos systèmes physiologiques.

Dans mon entretien avec Rodney Dietert, professeur émérite d'immunotoxicologie à l'université Cornell, il explique que nous sommes des êtres microbiens, car « plus de 99 % de vos gènes proviennent de microbes, et non de vos chromosomes ». Vous avez environ 3,3 millions de gènes microbiens, principalement bactériens. Dans l'ensemble de la population humaine, il existe un peu moins de 10 millions de gènes microbiens différents. Vous ne les aurez donc pas nécessairement en totalité.

Vous avez également 22 000 à 25 000 gènes chromosomiques (ces gènes sont ceux qui ont été analysés dans le cadre du projet du génome humain), ce qui signifie que vous n'avez qu'environ 2 000 gènes chromosomiques de plus qu'un ver de terre. Comme l'a noté Rodney Dietert, puisque nous avons environ 3,3 millions de gènes microbiens, cela signifie que nous sommes génétiquement microbiens à plus de 99 %.

Le peuple indigène Yanomami est le plus diversifié sur le plan microbien

Les études de Gloria Dominguez-Bello et Marty Blaser ont consisté à caractériser le microbiome bactérien fécal, oral et cutané des Yanomami, un groupe isolé d'indigènes vivant dans la forêt amazonienne. Dans une étude publiée dans Science Advances en 2015, ils ont écrit :

« Les Yanomami abritent un microbiome avec la plus grande diversité de bactéries et de fonctions génétiques jamais rapportée dans un groupe humain.

Malgré leur isolement, vraisemblablement depuis >11 000 ans depuis l'arrivée de leurs ancêtres en Amérique du Sud, et aucune exposition connue aux antibiotiques, ils hébergent des bactéries qui portent des gènes de résistance aux antibiotiques (AR) fonctionnels, y compris ceux qui confèrent une résistance aux antibiotiques synthétiques et sont synténiques avec des éléments de mobilisation. Ces résultats suggèrent que l'occidentalisation affecte de manière significative la diversité du microbiome humain... »

En étudiant les microbiomes de ces populations indigènes, Gloria Dominguez-Bello pense que nous pouvons obtenir des indices sur les fonctions perdues dans les zones urbaines, où les modes de vie modernes mettent le microbiome en danger. Dans une interview avec People, elle a expliqué :

« Ce sont des peuples qui commencent seulement à être exposés aux pratiques et à la médecine urbaines. Ce sont donc des survivants, car vous pouvez imaginer la mortalité dans les régions où il n'y a pas de médecine. Vous tombez d'un arbre, vous êtes mort. Si vous vous cassez une jambe, vous êtes mort.

Pour une mère sur dix en travail, il y a une mère ou un bébé qui meurt. Donc si vous survivez, vous êtes vraiment un survivant. Et ce sont des personnes en bonne santé parce que les personnes en mauvaise santé sont mortes. Nous sommes donc très intéressés par la compréhension de leur microbiome. Et ce que nous observons, c'est qu'ils ont une diversité beaucoup plus élevée. En général, la diversité est un marqueur de santé. Plus le microbiome est diversifié, plus l'écosystème est sain. »

Pourquoi les césariennes pourraient priver les bébés de leurs microbes ?

Le film aborde également la question de la césarienne, qui modifie le microbiote des nourrissons puisqu'ils ne sont pas exposés au microbiote vaginal de leur mère à la naissance. L'accouchement par césarienne est associé à un risque accru de troubles du système immunitaire et du métabolisme, probablement en raison de l'altération du microbiote.

Les études menées par Dominguez-Bello et ses collègues ont toutefois révélé que « l'ensemencement vaginal » des bébés ayant subi une césarienne réussit à restaurer les microbes maternels dans le nourrisson lorsqu'il est effectué immédiatement après la naissance, naturalisant ainsi leur microbiote. On ignore si la restauration du microbiote des bébés après la naissance entraîne des résultats à long terme en matière de santé, mais Gloria Dominguez-Bello a l'intention de le découvrir. Elle a déclaré à People :

« Si un bébé naît par césarienne élective, sans rupture de la poche des eaux, il n'est pas exposé au microbiome de la mère dans le vagin. Mais nous avons montré que si nous normalisons, au moins partiellement, le microbiome d'un bébé né par césarienne élective en le frottant avec une gaze imbibée de liquide contenant le microbiome de sa mère, nous pouvons normaliser le microbiome buccal du bébé au cours de sa première année de vie.

En faisant cela, protégeons-nous les enfants contre l'asthme, le diabète de type 1, la maladie cœliaque, les allergies, l'obésité ? Nous menons un essai clinique de cinq ans pour le découvrir. »

Les expositions en début de vie peuvent être la clé de la prévention des maladies

En ce qui concerne les expositions en début de vie, il est également suggéré que des anomalies du microbiome intestinal au début de la vie pourraient jouer un rôle dans l'autisme. Marty Blaser a déclaré à People :

« Nous savons que le taux d'autisme a augmenté de façon spectaculaire au cours des 80 dernières années. Et c'est une maladie du début de la vie : elle se manifeste au cours des deux premières années. Nous sommes donc intéressés par l'idée que le microbiome du début de la vie, lorsqu'il se forme, a un lien avec le cerveau.

Nous savons que le microbiome parle au cerveau. Ainsi, un certain nombre de chercheurs se sont intéressés à l'idée qu'un microbiome intestinal anormal au début de la vie a une conversation altérée avec le cerveau et qu'il modifie le développement du cerveau. »

La leucémie lymphoblastique aiguë (LLA), le type de cancer le plus courant chez l'enfant, pourrait également avoir un lien microbien, selon Melvin Greaves, de l'Institut de recherche sur le cancer de Londres (Royaume-Uni). L'étude de Melvin Greaves suggère que l'exposition aux microbes dès le plus jeune âge pourrait être le moyen de prévenir la LLA, ce qui peut être faire par le biais de :

• Accouchement par voie vaginale (plutôt que par césarienne)
• Allaitement
• Aller à la crèche quand on est bébé
• Exposition à des frères et sœurs plus âgés

Des études antérieures appuient ces suggestions, notamment une étude de 2002 qui a révélé que les enfants qui passaient plus de temps à la crèche présentaient un risque significativement réduit de LLA. L'allaitement maternel était également associé à une réduction du risque de LLA, tandis que l'introduction du lait maternisé dans les 14 jours suivant la naissance était positivement associée à la LLA, tout comme l'alimentation exclusive au lait maternisé jusqu'à 6 mois.

Les antibiotiques sont en train de décimer le microbiome humain

Chaque année, environ 10 doses d'antibiotiques sont prescrites pour chaque personne sur Terre. Même les enfants prennent en moyenne 2,7 traitements antibiotiques à l'âge de 2 ans et 10,9 à l'âge de 10 ans. Toutefois, l'exposition commence souvent encore plus tôt, puisque plus de la moitié des femmes reçoivent des antibiotiques pendant la grossesse ou peu après la naissance.

« Cela s'ajoute à un niveau d'exposition inconnu lié à l'utilisation d'antibiotiques dans l'agriculture », explique Marty Blaser dans le Cleveland Clinic Journal of Medicine en 2018. Selon lui, l'augmentation spectaculaire des maladies chroniques, notamment le diabète de type 1, l'asthme, l'obésité, le reflux gastro-œsophagien et les maladies inflammatoires de l'intestin, est liée à la perte de diversité bactérienne dans nos intestins, causée par la surutilisation des antibiotiques :

« Avant l'époque moderne, les microbes étaient transférés de la mère à l'enfant lors de l'accouchement par voie vaginale, du sein de la mère pendant l'allaitement, par le contact peau à peau, et de la bouche de la mère par le baiser.

Aujourd'hui, la césarienne généralisée, l'alimentation au biberon, les bains intensifs (notamment avec des savons antibactériens) et surtout l'utilisation d'antibiotiques ont modifié l'écologie humaine et altéré la transmission et le maintien des microbes ancestraux, ce qui affecte la composition du microbiote.

Les microbes, bons et mauvais, qui sont généralement acquis au début de la vie sont particulièrement importants, car ils affectent une étape critique du développement. »

Par rapport aux Yanomami de la jungle amazonienne, qui présentent une grande diversité bactérienne, les Américains ont déjà perdu 50 % de leur diversité microbienne. C'est pourquoi les risques des antibiotiques doivent être soigneusement évalués par rapport à leurs avantages avant d'être utilisés et l'utilisation d'antibiotiques dans l'approvisionnement alimentaire doit également être considérablement réduite.

Les aliments transformés détruisent votre microbiome

Une autre agression contre vos microbes se présente sous la forme des aliments transformés. Les fibres sont « l'élément le plus important du régime alimentaire pour nourrir le microbiome », explique Gloria Dominguez-Bello, mais elles sont largement absentes des aliments transformés. Les produits chimiques présents dans l'alimentation, comme l'herbicide glyphosate, perturbent également les microbes.

La consommation d'aliments complets est liée à une plus grande diversité du microbiote intestinal, tout comme la consommation d'herbes et d'épices. La consommation de gélules d'épices (notamment de cannelle, d'origan, de gingembre, de poivre noir et de poivre de Cayenne) a eu un effet favorable sur la composition bactérienne intestinale après seulement deux semaines. Dans une autre étude, la diversité des bactéries intestinales a augmenté après quatre semaines de consommation d'herbes et d'épices, à raison de 0,75 ou 1,5 cuillère à café par jour.

Outre les herbes et les épices, la consommation d'aliments fermentés est une autre stratégie solide pour optimiser la santé de votre microbiome intestinal. Une étude a demandé à 36 adultes de suivre un régime riche en aliments fermentés ou en aliments riches en fibres pendant 10 semaines. Les personnes ayant consommé des aliments fermentés ont vu la diversité de leur microbiome augmenter et les marqueurs d'inflammation diminuer.

Le problème est que de nombreux Américains ne consomment pas régulièrement ces aliments sains et complets, mais plutôt des aliments transformés, dépourvus de fibres et de nutriments et bourrés d'additifs. On a également constaté que les édulcorants artificiels modifiaient les bactéries intestinales de manière négative.

The Microbiota Vault

Gloria Dominguez-Bello est présidente de The Microbiota Vault, une initiative mondiale à but non lucratif qui vise à « préserver la santé à long terme de l'humanité » en stockant et en conservant des échantillons et des collections de microbiote. L'idée est de maintenir une banque de microbes qui pourraient être utilisés pour restaurer le microbiote humain lorsqu'il devient progressivement moins diversifié ou dans le cas où il viendrait à disparaître. Gloria Dominguez-Bello a expliqué à People :

« Nous devons préserver la biodiversité actuelle des microbes chez les humains dans le monde entier. Et cela vaut également pour l'environnement. Nous sommes en train de faire un gâchis complet de la biodiversité, y compris microbienne. Les microbes sont essentiels dans tous les écosystèmes, non seulement chez les humains, les animaux ou les plantes, mais aussi dans les océans. Tout cela est lié par l'impact des activités humaines.

Nous devons préserver les microbes car ils modulent réellement les fonctions de la Terre... Ils modulent tout. Ils modulent notre propre expression génétique. Il faut donc redoubler d'efforts pour préserver la biodiversité microbienne, pour la restaurer, parce que nous aurons besoin de restauration. »

Dans l'immédiat, en plus d'éviter les césariennes électives, pensez à ce qui suit pour protéger votre microbiome autant que possible :